تشكل الجزيئات رسومات بيانية، لكن غالبًا ما يُطلب من [نماذج [اللغات](/tag/اللغات) الضخمة](/tag/[نماذج](/tag/نماذج)-[اللغات](/tag/اللغات)-الضخمة) ([LLMs](/tag/llms)) [التفكير](/tag/التفكير) فيها على أنها سلاسل خطية. يُعتبر SMILES أكثر التمثيلات الجزيئية شيوعًا، حيث يقوم بضغط الذرات والروابط والفروع والحلقات في تسلسل مضغوط تُصبح فيه [الطوبولوجيا](/tag/الطوبولوجيا) ضمنية. ونتيجة لذلك، يُجبر [نماذج اللغة](/tag/[نماذج](/tag/نماذج)-[اللغة](/tag/اللغة)) على استعادة هيكل الجزيء قبل [تنفيذ](/tag/تنفيذ) [العملية](/tag/العملية) الكيميائية المطلوبة.

في هذا السياق، تم تقديم [ابتكار](/tag/ابتكار) [جديد](/tag/جديد) يُدعى "مول [كود](/tag/كود)" ([MoleCode](/tag/molecode))، الذي يُعتبر [لغة](/tag/لغة) جزيئية واضحة وصديقة لنماذج [اللغات](/tag/اللغات) الضخمة، حيث لا يحتاج إلى [التدريب](/tag/التدريب). وتمثيل كل مكونات الجزيء يتم ككيانات ذات نوع محدد مع معرفات دائمة وعلاقات واضحة. مما يجعل [الطوبولوجيا](/tag/الطوبولوجيا) الجزيئية قابلة للقراءة والتحرير والمراجعة داخل سياق اللغة، وبالتالي يُمكن النموذج من العمل على الهيكل بدلاً من استعادته من التركيب اللغوي.

توضح الدراسات أن هذا التحول في [التمثيل](/tag/التمثيل) يُحسن [أداء](/tag/أداء) [نماذج [اللغات](/tag/اللغات) الضخمة](/tag/[نماذج](/tag/نماذج)-[اللغات](/tag/اللغات)-الضخمة) بشكل ملحوظ في المهام المتعلقة بالتفكير الجزيئي، التحرير، التوليد، والتحليل، خصوصًا عندما تكون الوصول إلى الهيكل أمرًا صعبًا، مثل في حالة الجزيئات غير المألوفة أو العمليات الحساسة للطوبولوجيا.

علاوة على ذلك، تُغير هذه [التقنية](/tag/التقنية) كيفية [تخصيص](/tag/تخصيص) [استنتاجات](/tag/استنتاجات) النماذج، حيث يتم تقليل المسارات الطويلة المخصصة لإعادة [بناء](/tag/بناء) الهيكل الضمني إلى [استنتاجات](/tag/استنتاجات) أقصر وأكثر توجيهاً [نحو](/tag/نحو) [الكيمياء](/tag/الكيمياء) عند التعامل مع الذرات والروابط الصريحة.

يساهم هذا [الابتكار](/tag/الابتكار) أيضًا في [تحسين](/tag/تحسين) عمليات [التعديل](/tag/التعديل) الموجهة [نحو](/tag/نحو) الخصائص، مما يحافظ على التشابه الهيكلي للمركبات الأصلية. كما أن نفس قواعد الجملة الخاصة بـ"العقد - الروابط - الرسومات" تمتد إلى ما وراء الجزيئات الصغيرة لتشمل البوليمرات، والهياكل ماركوش، والتحولات على غرار الآلية، والأبحاث العلمية الموزعة [عبر](/tag/عبر) النصوص والصور.

تُشير هذه النتائج إلى ضرورة أن يكون [التواصل](/tag/التواصل) بين الكائنات العلمية ونماذج [اللغات](/tag/اللغات) الضخمة أكثر تفاعلًا مع التركيب، حيث يجب أن تُعتبر التركيبة جزءًا من [اللغة](/tag/اللغة) عندما يكون موضوع [التفكير](/tag/التفكير) هو [العلاقات](/tag/العلاقات).